合成的有机抗菌剂品种较多，应用历史较长，以有机酸、酚、醇为主要成分，有见效快、杀菌强、来源广泛等优点，缺点是耐热性较差及会产生微生物耐药性等，主要有以下几类：
（１）季铵盐类：通过破坏细菌的细胞膜、细胞壁，使酶蛋白变性等杀灭细菌，达到抗菌的效果。
（２）胍类（PHMB）：细胞溶菌酶的作用受阻，使细胞表层结构变性，与季铵盐类相似。胍类抗菌剂为聚阳离子化合物，在一般的生理环境中处于完全质子化状态，并且在较大ｐＨ值范围内保持正电性，具有极强的杀灭细菌和病毒的能力及长期的抑菌作用，无腐蚀性、污染性，可降解，毒性较低，可在日常生活中广泛使用。
（３）卤胺化合物：使细菌的酶蛋白、核蛋白的SH基的氧化、破坏，从而达到抗菌的效果。
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